新疆惠远种业股份有限公司成立于2004年，2010年整合新疆西部种业有限公司完成股改，注册资金5100万元。公司是育、繁、推、加、销、服务一体化、股份多元化、用现代企业制度管理的棉花专业公司；是国家高新技术企业、兵团和自治区的科技型企业、农业产业化龙头企业。

由公司发起，大学、科研单位和棉花产业相关企业等33家单位参与成立的兵团棉花产业技术创新战略联盟，聘请了国内顶尖的棉花产业领域的专家，致力于研究提高棉花生产链中的品种选育、种植、收获、加工和原棉贸易各环节的提质增效，为提升新疆棉花产业的国际竞争能力做出新的更大贡献。

公司总部设在石河子农业高新技术园区，投资1.1亿元建设 了公司的技术创新中心。公司在133团投资1亿元建成两条自动化籽棉加工线，年加工籽棉8万吨；建成两条现代化的棉种加工线，年加工能力2万吨，厂区环境优美、设备先进，规模全国第一，配套建设的种子质量检测实验室和种子质量追溯系统，保证了生产的每一粒种子都是合格的产品。

公司技术创新中心建筑面积4200㎡，核心育种基地50亩，三圃田100亩。该基地在2024年4月被农业农村部农业转基因生物安全办公室批准为转cp4epsps基因耐除草剂棉花KJDLC517T20506在新疆维吾尔自治区的中间试验基地。在121团、133团、147团、148团建有稳定的良种繁育基地10万亩。

公司技术创新中心先后自主选育和推广了新陆早28号、48号、59号、72号、惠远720、惠远722、惠远1401、惠远1615、惠远162 、惠远1502 、惠远1615 、中生棉2号、中生棉16号等13个棉花品种，与新疆农垦科学院联合选育和推广了新陆早33号、40号、42号、45号、51号、金垦1775等6个棉花品种，与中科院生物所合作选育的中生棉16号成为西北内陆棉区第一个转基因国审品种。在不同时期为兵团和西北内陆棉区的棉花生产做出过重大贡献，公司先后承担了国家科技部成果转化、科技支撑、农业部良种繁育专项、种子工程提升项目、财政部棉花专项、以及兵团和八师重大科技攻关项目等10余项，获得兵团和八师科技进步一、二等奖多项。

公司在147团建设的500亩中试基地先后被批准为师市棉花新品种试验示范基地、兵团棉花新品种试验示范基地、自治区和国家的棉花品种审定委员会批准为棉花新品种区域试验基地，农业农村部批准为国家农作物品种展示评价基地，国家市场监督管理总局批准为国家优质机采棉标准化示范区。